微型COI条形码在我国市场常见鱼类品种鉴定中的应用开题报告
2020-07-19 06:07
1. 研究目的与意义(文献综述包含参考文献)
1.1 鱼类产品现状
1.1.1我国鱼类产品市场现状
我国是水产养殖大国。据《2016年渔业统计年鉴》统计,2015年,全国水产品总产量为6901.25万吨,比上年增长3.01%。其中,养殖产量5142.39万吨,占总产量的74.51%,全国水产品人均占有量达到49.91千克,比上年增加1.17千克、增长2.40%[1]。
2. 研究的基本内容、问题解决措施及方案
1.研究的内容
(1)市场采集的共140份硬骨鱼类的DNA提取
(2)通用引物扩增COI条形码
(3)序列分析与物种鉴定
2.主要的研究手段
(1)DNA的提取(图1);
图1 DNA提取方法
(2)COI条形码的扩增(表1);
表1 COI条形码通用引物序列
Primer name |
Primer sequence (5′-3′) |
Barcode length (bp) |
mlCOIintF (F) |
TGTAAAACGACGGCCAGTGGWACWGGWTGAACWGTWTAYCCYCC |
313bp |
jgHCO2198 (R) |
CAGGAAACAGCTATGAC TAIACYTCIGGRTGICCRAARAAYCA |
|
M13F-29 |
CACGACGTTGTAAAACGAC |
NA |
M13R |
GGATAACAATTTCACACAGG |
(3)扩增反应参数(表2);
表2 扩增反应参数
Initial Denaturation |
Denaturation |
Annealing |
Extension |
Final Extension |
Number of Cycles |
94℃ 3min |
94℃ 30s |
62℃ 30s |
72℃ 60s |
72℃ for 5 min |
19 |
94℃ 30s |
43℃ 30s |
72℃ 60s |
16 |
(4)序列进行分析
将PCR产物送至测序公司(金斯瑞生物科技,中国)进行测序。每个目标片段测序两次,进行两个方向相反方向的直接测序,且允许产生四个高质量的互补序列。 使用可获得的BioEdit v7.2.5软件(Ibis Biosciences,Carlsbad,CA,USA)对测序数据进行比对,使用Mega7.0.14软件绘制进化树。
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